تسعى الكلية من خلال  برامج الدراسات العليا إلى تحقيق الأهداف التالية :

1. إثراء البحث العلمي في كافة مجالات الصيدلة والدواء  .
2. توجيه الطلاب الملتحقين بها إلي التخصصات الدقيقة لتتمكن من تغطية الجوانب الهامة التي يحتاجها المجتمع من هذه العلوم حرصا منها علي مواكبة ركب التعليم الصيدلي .
3. إعداد وتدريب الطالب على البحث العلمي وتمكينه من إجراء البحوث التطبيقية في التخصصات العلمية المختلفة واقتراح طرق الاستفادة العلمية منها .
4. تمكين الطالب من التعرف على مشكلات استخدام الدواء وتصنيعه واستخدام الأسلوب العلمي لمواجهة هذه المشاكل واقتراح الحلول العلمية لها .
5. تزويد الطالب بالاتجاهات العلمية المعاصرة في مجال الصيدلة حرصا من الكلية علي مسايرة نظم التعليم الصيدلي الحديثة  التي من شأنها الارتقاء بنوعية حملة  شهادات الدراسات العليا إيمانا منها بالدور الرائد لتقديم الخبرات الصيدلية المتميزة في شتي المجالات الصيدلية .
6. تمكين الطالب من الوقوف على مدى ارتباط الصيدلة بالمجالات العلمية الأخرى ووسائل دعم هذا الارتباط وتطويره .
7. الدبلومات المهنية ودرجة دكتور الصيدلة تؤهل الصيدلى للعمل بكفاءة وفاعلية ضمن منظومة الرعاية الصحية لرفع مستوى الخدمة الصحية المقدمة للمريض .